Le 30 avril 1598, le roi de France Henri IV promulguait l’Edit de Nantes. Cet Edit accordait un certain nombre de droits aux Protestants comme des droits de culte, des droits civils et des droits politiques. Si l’Edit de Nantes permit, suite aux guerres de religion, d’apaiser le royaume, il eut pour conséquence de renforcer certaines villes protestantes et d’en faire des Etats dans l’Etat. La Rochelle figurait parmi ces places de sûreté accordées par l’Edit de Nantes aux Protestants. Face à ce pouvoir montant et réel, soutenu par l’éternel ennemi anglais qui était toujours prompt à affaiblir le royaume capétien, Louis XIII le roi de France d’alors et son célèbre ministre le cardinal de Richelieu décidèrent d’agir. La Rochelle devenait un bastion protestant puissant et immensément riche grâce notamment à son port. Richelieu, fin politique, aura ses mots : “il faut couper la tête du dragon”
La Rochelle était une ville où la population protestante était très importante. Sur 22 000 âmes, 18 000 étaient adepte de la religion réformée. Le siège, commandé par le cardinal de Richelieu, dura un an, un an pendant laquelle la population subira les conséquences d’un siège : la faim. Face à l’intervention royale, un homme sera la figure de cette résistance : Jean Guitton, le maire de la ville. Sa détermination était telle qu’il fit le serment d’enfoncer un poignard dans le coeur à quiconque oserait se rendre. « Pourvu qu’il reste un homme pour fermer les portes, c’est assez ! » se plaisait-il à dire. Mais c’était sans compter sur le talent d’organisation du cardinal de Richelieu.
Du côté anglais, le duc de Buckingham quitta le port de Porthmouth en direction de l’île de Ré accompagné de 8000 hommes. L’Angleterre allait apporter son soutien aux huguenots français. La réaction du cardinal ne se fit pas attendre, il fit fortifier la ville ainsi que l’île de Ré et d’Oléron. 20 000 hommes français étaient prêt à défier l’ennemi de toujours. Toutes les voies de communication étaient bloquées, seule la mer pouvait leur apporter la nourriture nécessaire à leur survie.
Après son débarquement qui n’eut guère de conséquences, le duc de Buckingham rentra en Angleterre. Pour éviter le risque de ravitaillement par la mer, Richelieu entreprit la construction d’une digue de 1500 mètres de long et de 20 mètres de haut accompagnés de canon pointés vers le large. Las des guerres de religion qui firent beaucoup de mort depuis si longtemps, il voulait que la ville tomba d’elle même, sans effusion de sang. Ne s’avouant pas vaincu, le roi d’Angleterre mis sur pied une première expédition en juillet 1267, une seconde en avril 1628 et enfin une dernière en août 1628. Toutes échouèrent. La ville, terrassée par la famine, capitula, sous l’autorité de son maire Jean Guitton, sans condition le 28 octobre 1628. Pour récompenser le courage du maire, Richelieu ne le fera pas emprisonner.
Malgré cette résistance au pouvoir royal, Louis XIII accorda son pardon aux insurgés. Les Protestants perdirent leurs différents droits sauf celui d’exercer librement leur culte garanti par l’Edit de Nantes. Le temple principal de la ville sera remplacé par une cathédrale et le siège de l’évêque. L’Edit de la Rochelle du 3 novembre 1628 règla le sort de la ville : exercice libre et public du culte catholique, les églises devront être rebâties aux frais des rochelais, une croix sera dressées sur la place du château en souvenir de la réédition, une procession solennelle sera donnée chaque année en action de grâce. Cet épisode tragique, conséquence de l’Edit de Nantes, allait faire germer dans l’esprit de beaucoup de catholiques l’idée d’une possible révocation. Elle interviendra en 1685.